Ngày 15-5-1989, theo Quyết định của Bộ Tư lệnh BĐBP, Trung tâm Huấn luyện BĐBP được thành lập với chức năng, nhiệm vụ là tuyển chọn, huấn luyện chiến sĩ mới, đào tạo tiểu đội trưởng và các lớp chuyên môn kỹ thuật hệ sơ cấp ngành tham mưu cho các đơn vị Biên phòng trong cả nước. Đồng thời, sẵn sàng cơ động nhận các nhiệm vụ khác khi được Bộ Tư lệnh BĐBP giao phó. 

Khi mới thành lập, địa bàn đóng quân là vùng bán sơn địa, giao thông chưa phát triển, tình hình kinh tế, xã hội còn nhiều khó khăn. Trong khi đó, cán bộ mới được điều động từ các phòng, ban, cơ quan Bộ Tư lệnh và các tỉnh biên giới phía Bắc về. Những ngày đầu, Trung tâm Huấn luyện BĐBP chỉ có 9 cán bộ đảng viên và 24 cán bộ, nhân viên của trường Hậu cần Công an nhân dân chuyển sang, hầu hết chưa quen với nhiệm vụ mới. Trong điều kiện khó khăn trên, đơn vị vẫn nhanh chóng ổn định về mọi mặt để tiếp nhận và huấn luyện chiến sĩ trong thời gian ngắn nhất.

Theo đúng kế hoạch đề ra, ngày 15-6-1989, đơn vị đã đón 350 chiến sĩ mới khóa đầu tiên về triển khai huấn luyện. Thực hiện nhiệm vụ trong điều kiện hết sức khó khăn, cán bộ, chiến sĩ trong đơn vị đã tích cực học hỏi, nghiên cứu cải tiến nội dung dạy và học, kết hợp giữa học tập, rèn luyện và xây dựng, củng cố đơn vị. Sau 4 tháng huấn luyện, khóa chiến sĩ mới đầu tiên đã hoàn thành với kết quả đạt loại khá. Từ kết quả ban đầu đã tạo không khí phấn khởi, tin tưởng cho đơn vị phấn đấu vươn lên, hoàn thành tốt nhiệm vụ của những chặng đường tiếp theo.

Tháng 9-1989, để bổ sung đội ngũ cán bộ tăng cường chất lượng cho công tác huấn luyện, đào tạo, Bộ Tư lệnh BĐBP quyết định sáp nhập D19 - Cục Tham mưu vào Trung tâm Huấn luyện. Tổ chức đơn vị từ chỗ chỉ có 2 chi bộ, 2 đại đội, lúc này đã hình thành đảng bộ có 8 chi bộ với 6 đại đội, trong đó, 5 đại đội huấn luyện chiến sĩ mới và 1 đại đội đào tạo sơ cấp chuyên môn kỹ thuật ngành Tham mưu. 

Ngày 22-10-1991, Bộ Tư lệnh BĐBP có Quyết định số 223/QĐ-BTL về việc chuyển giao Trung tâm Huấn luyện BĐBP thuộc Bộ Tham mưu về trực thuộc Bộ Tư lệnh BĐBP. Quyết định trên tuy có thay đổi về tính chất, quy mô lãnh đạo, song về mặt biên chế, tổ chức và nhiệm vụ chính trị của đơn vị cơ bản như trước đây.

Với yêu cầu ngày càng cao của nhiệm vụ chính trị, Đảng ủy, Ban Chỉ huy Trung tâm Huấn luyện đã tăng cường lãnh đạo củng cố, kiện toàn các cấp ủy Đảng đảm bảo đủ số lượng, mạnh về chất lượng để có đủ sức lãnh đạo đơn vị. Đồng thời, quan tâm giáo dục, nâng cao bản lĩnh chính trị, phẩm chất đạo đức, năng lực của đội ngũ cán bộ, tạo điều kiện cho đội ngũ cán bộ phấn đấu vươn lên nắm vững kiến thức khoa học quân sự, nguyên tắc, quan điểm huấn luyện, biết vận dụng những kiến thức khoa học vào thực tế nhiệm vụ của đơn vị. 

Từ năm 1991, mỗi năm đơn vị huấn luyện 2 khóa chiến sĩ mới và tiếp tục tự đào tạo tiểu đội trưởng huấn luyện cho đơn vị. Khó khăn mới của đơn vị trong thời gian này là quân số đông và rải đều trong năm, trong khi đó, nhà cửa, cơ sở vật chất chưa được nâng cấp mở rộng, cán bộ thiếu nhiều, lúc cao nhất mới chỉ đạt 60% quân số theo biên chế.

Do đó, cán bộ vừa phải quản lý đơn vị, vừa phải nghiên cứu tài liệu, soạn thảo giáo án và giảng dạy cho chiến sĩ, đồng thời phải tham gia làm công tác tuyển quân ở các địa bàn, có nhiều năm, chiến sĩ khóa trước chưa ra, đơn vị đã phải cử cán bộ xuống các địa phương làm công tác hợp đồng thâm nhập, tuyển chọn chiến sĩ khóa mới. Đứng trước những khó khăn, thách thức trên, Đảng ủy, Ban Chỉ huy đơn vị đã ra nghị quyết chuyên đề, xây dựng kế hoạch tỉ mỉ phù hợp với tình hình thực tế của đơn vị, hoàn thành tốt công tác huấn luyện. 

Trong quá trình thực hiện sự nghiệp đổi mới của đất nước, đã đặt ra những yêu cầu mới cho công cuộc bảo vệ chủ quyền, an ninh biên giới của Tổ quốc. Ngày 8-8-1995, Bộ Chính trị Ban Chấp hành Trung ương Đảng (khóa VII) đã ban hành Nghị quyết số 11-NQ/TW về “Xây dựng BĐBP trong tình hình mới”, chuyển giao lực lượng BĐBP từ Bộ Công an sang trực thuộc Bộ Quốc phòng. Cùng với sự thay đổi của lực lượng BĐBP, Trung tâm Huấn luyện cũng đã thực hiện đào tạo, huấn luyện theo chương trình thống nhất của toàn quân. 

Đến năm 2006, trước yêu cầu, nhiệm vụ và tình hình mới, Trung tâm Huấn luyện được Bộ Tư lệnh giao huấn luyện một năm 2 khóa chiến sĩ mới, đồng thời, huấn luyện chiến sĩ mới cho BĐBP các tỉnh Thái Bình, Nam Định, thành phố Hải Phòng và là nơi tổ chức các lớp tập huấn điều lệnh, chiến thuật, kỹ thuật chiến đấu bộ binh cấp phân đội cho toàn lực lượng.

Tính từ năm 1989 đến năm 2019, đơn vị đã huấn luyện được 48 khóa chiến sĩ mới với 17.452 đồng chí. Kết quả các khóa huấn luyện đều đạt khá, giỏi và đảm bảo tuyệt đối an toàn về mọi mặt trong huấn luyện; kết thúc các khóa huấn luyện, 100% chiến sĩ mới được trang bị đầy đủ kiến thức về chính trị, quân sự, chuyên môn nghiệp vụ, pháp luật, có bản lĩnh chính trị vững vàng, có ý chí quyết tâm cao, sẵn sàng nhận và hoàn thành mọi nhiệm vụ được giao, đáp ứng yêu cầu, nhiệm vụ quản lý, bảo vệ chủ quyền lãnh thổ, an ninh biên giới quốc gia trong tình hình mới. 

Cùng với đó, đơn vị đã huấn luyện được 3 lớp quân nhân chuyên nghiệp chưa qua huấn luyện quân sự của lực lượng BĐBP với hơn 300 đồng chí; huấn luyện được 7 khóa tiểu đội trưởng với 1.522 đồng chí; huấn luyện 3 khóa chiến sĩ nữ với 172 đồng chí, đào tạo 1 khóa chuyên môn văn thư, cơ yếu với 65 đồng chí, đào tạo 1 lớp văn thư đánh máy với 35 đồng chí. 

Song hành với nhiệm vụ huấn luyện, đơn vị đã đăng cai và phục vụ tốt các lớp tập huấn, hội thi, hội thao quân sự do Bộ Tư lệnh BĐBP tổ chức, huấn luyện đội tuyển bắn súng và các đoàn tuyển thủ của Bộ Tư lệnh BĐBP tham gia hội thao toàn quân.

Đặc biệt, trong các kỳ hội thao toàn quân và thi đấu quốc tế, nhiều vận động viên đã đạt thành tích cao và được tặng thưởng huy chương vàng, bạc, được Bộ Quốc phòng và Bộ Tư lệnh BĐBP khen ngợi. Phát huy truyền thống anh hùng của lực lượng và truyền thống vẻ vang của đơn vị, cán bộ, chiến sĩ Trung tâm Huấn luyện BĐBP luôn đoàn kết, thống nhất, không ngừng đổi mới, sáng tạo, thực hiện thắng lợi nhiệm vụ được giao.

Đại tá Trịnh Hữu Đức - Chỉ huy trưởng Trung tâm Huấn luyện BĐBP