Theo đó, Thông tư áp dụng đối với thương nhân Việt Nam; các cơ quan, tổ chức, cá nhân khác có hoạt động liên quan đến mua bán hàng hóa qua biên giới theo quy định tại Quyết định số 52/2015/QĐ-TTg. Thông tư quy định, hồ sơ, thủ tục đăng ký thực hiện hoạt động mua bán hàng hoá qua cửa khẩu phụ, lối mở biên giới căn cứ điều kiện hạ tầng kỹ thuật tại khu vực cửa khẩu phụ, lối mở biên giới, Uỷ ban nhân dân tỉnh lựa chọn thương nhân đáp ứng đủ các điều kiện theo quy định của pháp luật để thực hiện mua bán hàng hóa qua các cửa khẩu phụ, lối mở biên giới. Hoạt động kinh doanh tạm nhập, tái xuất, tạm xuất, tái nhập, chuyển khẩu không thuộc phạm vi điều chỉnh của Thông tư này và được thực hiện theo các quy định hiện hành về hoạt động tạm nhập, tái xuất, tạm xuất, tái nhập, chuyển khẩu.

Cụ thể, đối với thương nhân được thực hiện hoạt động mua bán hàng hóa qua biên giới là thương nhân Việt Nam, bao gồm doanh nghiệp, hộ kinh doanh, hợp tác xã theo quy định gửi 1 bộ hồ sơ đến Sở Công thương tỉnh biên giới nơi có cửa khẩu phụ, lối mở biên giới. Hồ sơ gồm: Đơn đăng ký hoạt động mua bán hàng hóa qua cửa khẩu phụ, lối mở biên giới theo mẫu quy định tại Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư này: 1 bản chính; Giấy chứng nhận đầu tư hoặc giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp/giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh hoặc giấy chứng nhận đăng ký hộ kinh doanh hoặc giấy chứng nhận đăng ký hợp tác xã, liên hợp tác xã: 1  bản sao, có xác nhận đóng dấu sao y bản chính của thương nhân.

Trong thời hạn 4  ngày làm việc, kể từ ngày nhận được hồ sơ hợp lệ, Sở Công thương trình Ủy ban nhân dân tỉnh biên giới danh sách thương nhân đáp ứng đủ các điều kiện theo quy định của pháp luật để thực hiện hoạt động mua bán hàng hoá qua cửa khẩu phụ, lối mở biên giới.

Trong thời hạn 3 ngày làm việc, kể từ ngày nhận được danh sách đề nghị của Sở Công Thương, Uỷ ban nhân dân tỉnh biên giới công bố danh sách thương nhân được thực hiện hoạt động mua bán hàng hoá qua cửa khẩu phụ, lối mở biên giới. Trường hợp từ chối lựa chọn thương nhân, Uỷ ban nhân dân tỉnh biên giới trả lời thương nhân bằng văn bản và nêu rõ lý do. Uỷ ban nhân dân tỉnh biên giới thông báo danh sách thương nhân được thực hiện hoạt động mua bán hàng hoá qua cửa khẩu phụ, lối mở biên giới trên các phương tiện thông tin đại chúng và gửi danh sách đến Bộ Công thương.

Thông tư cùng yêu cầu hàng hoá xuất khẩu qua cửa khẩu phụ, lối mở biên giới phải đáp ứng quy định tại Nghị định số 187/2013/NĐ-CP ngày 20 tháng 11 năm 2013 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật Thương mại về hoạt động mua bán hàng hóa quốc tế và các hoạt động đại lý mua, bán, gia công và quá cảnh hàng hóa với nước ngoài.

Được biết, đối với cửa khẩu phụ, lối mở biên giới trong khu kinh tế cửa khẩu, hàng hoá nhập khẩu phải đáp ứng quy định tại Nghị định số 187/2013/NĐ-CP ngày 20 tháng 11 năm 2013 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật Thương mại về hoạt động mua bán hàng hóa quốc tế và các hoạt động đại lý mua, bán, gia công và quá cảnh hàng hóa với nước ngoài. Đối với cửa khẩu phụ, lối mở biên giới nằm ngoài khu kinh tế cửa khẩu, chỉ cho phép nhập khẩu hàng hoá là nguyên, nhiên, vật liệu, vật tư phục vụ sản xuất trong nước theo Danh mục hàng hoá quy định tại Phụ lục II ban hành kèm theo Thông tư này.​

Trong trường hợp cửa khẩu phụ, lối mở biên giới bị ùn tắc do quá tải hoặc ách tắc, Uỷ ban nhân dân tỉnh biên giới điều hành, áp dụng các biện pháp để thực hiện ưu tiên xuất khẩu các mặt hàng thực phẩm tươi sống, các mặt hàng nông sản mau hỏng và các hàng hoá xuất khẩu khác; hoặc Điều tiết hàng hoá nhập khẩu qua cửa khẩu phụ, lối mở biên giới để không ảnh hưởng đến việc xuất khẩu.

Binh Minh