Ngày 23-4-1959, Bộ Công an ra Nghị định số 154 về việc thành lập các phòng trong các Cục: Tham mưu, Chính trị, Trinh sát, Hậu cần thuộc Ban Chỉ huy CANDVT Trung ương. Trong đó, Cục Chính trị gồm có các phòng: Tuyên huấn, Tổ chức, Cán bộ, Bảo vệ, Dân vận. Trên cơ sở đó, ngày 21-12-2009, Cục Chính trị BĐBP ban hành Quyết định số 1252/QĐ-CCT về việc lấy ngày 23-4-1959 là Ngày Truyền thống của Phòng Tổ chức, Cục Chính trị BĐBP.   

Khi mới thành lập, Phòng Tổ chức có chức năng, nhiệm vụ nghiên cứu, tham mưu, đề xuất cho Đảng ủy CANDVT Trung ương, thủ trưởng Cục Chính trị về phương hướng, chủ trương, kế hoạch và chỉ đạo, hướng dẫn tổ chức thực hiện công tác xây dựng Đảng, xây dựng cơ quan chính trị, các tổ chức quần chúng, công tác chính sách, khen thưởng trong toàn lực lượng; tiến hành công tác Đảng, công tác chính trị (CTĐ, CTCT) trong các nhiệm vụ.

Phòng được biên chế thành các bộ phận: Công tác chính trị, Công tác xây dựng Đảng; Ban công tác thanh niên, Công đoàn, Phụ nữ; Công tác chính sách - khen thưởng; Công tác kiểm tra Đảng; Văn phòng Đảng ủy và Công tác thống kê. 

Thời kỳ đầu, trong bối cảnh tổ chức chưa ổn định, cơ chế lãnh đạo cũng chưa rõ ràng, Đảng ủy CANDVT Trung ương đã xác định công tác xây dựng Đảng là then chốt trong công tác xây dựng lực lượng CANDVT, là nội dung quan trọng hàng đầu của CTĐ, CTCT. Trong đó, phải xây dựng tổ chức cơ sở Đảng, trọng tâm là công tác chi bộ, đề cao vai trò lãnh đạo của chi bộ và cấp ủy. Bám sát chỉ đạo của Đảng ủy CANDVT Trung ương, Phòng Tổ chức đã chủ động, tích cực tham mưu với Cục Chính trị khẩn trương xây dựng, kiện toàn tổ chức Đảng và cơ quan chính trị các cấp, các tổ chức quần chúng.

Chỉ một thời gian ngắn, hệ thống tổ chức Đảng trong toàn lực lượng CANDVT đã hoàn thiện và không ngừng phát triển; hầu hết các đồn, trạm Biên phòng chi bộ đã có cấp ủy, các đội công tác có tổ đảng, tỷ lệ lãnh đạo ngày càng cao. Công tác chỉ đạo, hướng dẫn các tổ chức Đảng thực hiện các nội dung giáo dục, rèn luyện, quản lý đảng viên, đáp ứng yêu cầu xây dựng Đảng trong thời kỳ chiến tranh được đẩy mạnh.

Từ đó, tổ chức Đảng các cấp phát triển mạnh cả về số lượng và chất lượng, phát huy được vai trò lãnh đạo toàn diện, tuyệt đối của Đảng trong xây dựng đơn vị và thực hiện nhiệm vụ chính trị. Đội ngũ đảng viên ngày một đông đảo và là những đồng chí tin cậy về chính trị, có lòng trung thành tuyệt đối, tận tụy trong công việc, khắc phục khó khăn, gian khổ để hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ. 

Bên cạnh đó, nhiều phong trào hành động cách mạng ý nghĩa và hiệu quả đã được chỉ đạo, hướng dẫn thực hiện như “Xây dựng chi bộ 4 tốt và đảng viên 4 tốt”, “Thi đua tiến nhanh vượt mức kế hoạch”; “5 tốt”, “Ba nhất”, “Thanh niên quyết thắng”...; công tác chính trị tại các đồn, trạm Biên phòng được hướng dẫn thực hiện với nhiều nội dung, hình thức sinh động; chế độ chính sách, khen thưởng triển khai đúng với chủ trương của trên và bám sát thực tiễn chiến đấu của các đơn vị; việc điều động cán bộ chi viện An ninh vũ trang miền Nam, chuyển giao lực lượng, nhiệm vụ bảo vệ mục tiêu nội địa cho Cảnh sát nhân dân, hay tăng cường cán bộ tiếp quản biên giới miền Nam sau giải phóng, cử cán bộ giúp bạn Lào và Campuchia... cũng được tiến hành thuận lợi.

Những đóng góp đáng ghi nhận đó của Phòng Tổ chức cũng như ngành tổ chức CANDVT đã làm sáng rõ hơn vai trò của CTĐ, CTCT trong sự nghiệp giải phóng miền Nam, thống nhất đất nước và bảo vệ vẹn toàn một dải biên cương, biển đảo của Tổ quốc. 

Ngay sau ngày miền Nam được giải phóng, giang sơn thu về một mối, Đảng, Nhà nước giao nhiệm vụ bảo vệ biên giới trên địa bàn cả nước cho lực lượng CANDVT. Để đảm bảo sự lãnh đạo, chỉ đạo thống nhất toàn lực lượng trên phạm vi toàn quốc, Phòng Tổ chức đã kịp thời tham mưu củng cố, kiện toàn, thành lập hệ thống các tổ chức Đảng; triển khai toàn diện, đồng bộ các nội dung công tác tổ chức xây dựng Đảng; CTĐ, CTCT trong các nhiệm vụ; xây dựng và phát huy vai trò hệ thống cơ quan chính trị, đội ngũ cán bộ chính trị ở các cấp đáp ứng với yêu cầu nhiệm vụ bảo vệ chủ quyền, an ninh biên giới quốc gia trong tình hình mới. 

Những dấu ấn đáng ghi nhận của Phòng Tổ chức thời kỳ này là đã tham mưu cho Đảng ủy, Bộ Tư lệnh BĐBP tổ chức thành công các kỳ Đại hội Đảng bộ; ký Quy chế phối hợp với 44 Tỉnh ủy, Thành ủy có biên giới trong lãnh đạo, chỉ đạo thực hiện nhiệm vụ công tác biên phòng và xây dựng BĐBP ở địa phương vững mạnh toàn diện, tạo nên sức mạnh tổng hợp, huy động được sức mạnh của nền biên phòng toàn dân tham gia xây dựng, quản lý, bảo vệ  biên giới.

Cùng với đó, triển khai thực hiện có hiệu quả Nghị quyết 51 Bộ Chính trị “Về việc tiếp tục hoàn thiện cơ chế lãnh đạo của Đảng, thực hiện chế độ một người chỉ huy gắn với thực hiện chế độ chính ủy, chính trị viên trong Quân đội nhân dân Việt Nam” và Nghị quyết Trung ương 4 (khóa XI, XII) về công tác xây dựng, chỉnh đốn Đảng. Ngoài ra, Phòng Tổ chức cũng tích cực tham mưu, đề xuất với cấp trên quy định hệ thống tổ chức Đảng trong BĐBP phù hợp với chức năng, nhiệm vụ và hệ thống tổ chức chính quyền của lực lượng theo đúng quy định...

Trong suốt 60 năm qua, dưới sự lãnh đạo, chỉ đạo của Đảng ủy BĐBP, Cục Chính trị, các thế hệ cán bộ Phòng Tổ chức đã thể hiện rõ bản lĩnh chính trị vững vàng, giữ vững nguyên tắc, quan điểm chính trị của Đảng và yêu cầu, nhiệm vụ của BĐBP, đoàn kết, khắc phục mọi khó khăn để hoàn thành xuất sắc mọi nhiệm vụ được giao.

Từ sự nghiên cứu, tham mưu, đề xuất của Phòng Tổ chức, Đảng ủy BĐBP, Cục Chính trị đã lãnh đạo, chỉ đạo, hướng dẫn công tác tổ chức xây dựng Đảng, CTĐ, CTCT trong các nhiệm vụ đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ và sự phát triển của lực lượng trong từng giai đoạn cách mạng. Thành tựu đó đã góp phần xây dựng các cấp ủy, tổ chức Đảng trong BĐBP vững mạnh về chính trị, tư tưởng, tổ chức và đạo đức, xây dựng BĐBP cách mạng, chính quy, tinh nhuệ, từng bước hiện đại, 

Trưởng thành cùng nhiệm vụ, lớp lớp cán bộ, đảng viên của phòng đã được tôi luyện và phát triển, nhiều đồng chí đã trở thành tướng lĩnh, cán bộ cao cấp, giữ các cương vị trọng trách của Quân đội và BĐBP. Nhiều đồng chí đã dành trọn vẹn cuộc đời quân ngũ dành tâm huyết, trí tuệ của mình cho sự nghiệp tổ chức xây dựng Đảng. Sự cống hiến của các thế hệ đã vun đắp và tô thắm truyền thống vẻ vang của Phòng Tổ chức, xứng đáng với những phần thưởng cao quý được Đảng, Nhà nước, Quân đội, BĐBP trao tặng và là nền tảng vững chắc để phòng tạo lập được nhiều thành công và dấu ấn hơn nữa trong tương lai.

Đại tá Vương Văn Thúy, Trưởng phòng Tổ chức