Ngay từ ngày đầu mới thành lập và trong kháng chiến chống Mỹ, bám sát sự lãnh đạo của Đảng ủy, Thủ trưởng Bộ Tư lệnh, Cục Trinh sát đã tích cực chủ động tham mưu, chỉ đạo trinh sát các địa phương, đơn vị phối hợp với các lực lượng thực hiện đồng bộ các biện pháp nghiệp vụ, điều tra, phát hiện, đấu tranh với các hoạt động gián điệp, gián điệp biệt kích, phản động trong vùng dân tộc, tôn giáo, giúp bạn Lào tiễu phỉ, xây dựng cơ sở chính trị, phát hiện các ổ nhóm phản động lưu vong từ xa, phục vụ tốt công tác phản gián Biên phòng và nội địa. 

Cục đã tích cực cùng với các đơn vị, lực lượng chức năng tham gia truy quét các cuộc xưng vua, nổi phỉ, gây bạo loạn tại Hồ Thầu - Lai Châu (11-1959), Đồng Văn - Hà Giang (12-1959), Pha Long - Lào Cai (9-1960), Kỳ Sơn - Nghệ An (1963-1964)... Xác lập, đấu tranh nhiều chuyên án liên quan đến an ninh quốc gia tiêu biểu như: Chuyên án BQ61 (1960-1962) triệt phá mạng lưới cơ sở gián điệp của Mỹ-ngụy cài cắm ở Vĩnh Linh (Quảng Trị), bắt 2 nhân viên tình báo "biệt đội sưu tầm Bắc Hải Vân"; Chuyên án K26 (1962-1967) ở Mộc Châu (Sơn La), đã tiêu diệt và bắt tổng cộng 30 tên, thu 120 kiện hàng của các toán gián điệp, biệt kích Mỹ-ngụy xâm nhập; Chuyên án D569 (7-1969) đã làm thất bại âm mưu, hoạt động lợi dụng hội đoàn tôn giáo để tập hợp lực lượng chống phá chính sách nghĩa vụ quân sự, phá hoại sản xuất, gây rối an ninh trật tự của bọn phản động lợi dụng đạo Thiên chúa ở Nghi Thủy, Nghi Lộc (Nghệ An); Chuyên án K172 (12-1972) đấu tranh chống phản động lợi dụng đạo Thiên chúa ở Hà Tĩnh, đã bắt Trần Tiến Nam, Lê Văn Hòa và 18 tên khác, thu toàn bộ tài liệu, cương lĩnh, giải tán, vô hiệu hóa tổ chức phản động mang tên "Hội dân lập giải phóng" do linh mục quản hạt Trần Văn Đổng cầm đầu...

Từ năm 1975 đến năm 1985, Cục đã chỉ đạo tập trung nắm chắc tình hình từ xa, phát hiện triệt phá nhiều tổ chức phản động, dập tắt các vụ gây rối, gây bạo loạn. Nổi bật là: Chuyên án đập tan tổ chức phản động trong đảng Khmer Khăn trắng tại Tây Ninh từ tháng 10-1975 đến tháng 12-1976, ta đã bắt, xử lý 14 đối tượng, thu 30 súng các loại và nhiều tài liệu quan trọng về âm mưu, ý đồ hoạt động với mưu toan đòi Việt Nam trả đất và lập chính quyền tự trị ở 6 tỉnh Tây Nam bộ; Chuyên án NC97 (7-1977), đã làm rõ ý đồ của nước đối diện đối với khu vực biên giới Hoàng Liên Sơn; Chuyên án PL92 (8-1979) ở Phú Lũng, Yên Minh (Hà Giang), đã làm rõ hoạt động móc nối của cơ quan đặc biệt nước ngoài xây dựng lực lượng cơ sở ngầm nhằm tạo chính quyền 2 mặt để chống phá Việt Nam; Chuyên án FL83 (8-1983), đã làm rõ âm mưu hoạt động của công an nước ngoài phát triển 65 cơ sở, âm mưu lập khu tự trị người Mông ở khu vực Pha Long (Lào Cai)...

Từ năm 1986 đến năm 2009, Cục Trinh sát và Biên phòng các địa phương đã tăng cường điều tra phát hiện, xác lập hàng trăm chuyên án, đấu tranh có hiệu quả với các đường dây xuất nhập cảnh trái phép, chuyển giao tài liệu mật ra nước ngoài, mua bán phụ nữ, trẻ em, vận chuyển, lưu hành tiền giả, chống buôn lậu, truyền đạo trái pháp luật trong vùng dân tộc...

Điển hình như, Chuyên án ĐS96 (3 - 12/1996), phát hiện bắt giữ 11 đối tượng người nước ngoài và 31 đối tượng người Việt Nam chuyển giao tài liệu bí mật quốc gia cho cơ quan đặc biệt nước ngoài; Chuyên án XN86 (10-1987), đấu tranh chống phản động lưu vong xâm nhập ở Gia Lai, Kon Tum, bắt 6 đối tượng phản động lưu vong xâm nhập thuộc tổ chức phản động "Mặt trận quốc gia thống nhất Việt Nam"; Chuyên án H194 (4-1994), đấu tranh với phản động lợi dụng dân tộc Khmer ở Sóc Trăng, Minh Hải, Kiên Giang, An Giang, thu 134 tài liệu các loại, 4 băng ghi hình của các tổ chức và cá nhân phản động; Chuyên án V548 (8/1995 - 1997), đấu tranh với hoạt động của phỉ Lào ở Nghệ An, đã làm rõ 3 cụm phỉ ở ngoại biên, phát hiện 11 đối tượng ở khu vực biên giới ta nằm trong đường dây cung cấp, tiếp tế vũ khí cho phỉ; Chuyên án B905 và V906 (9/2005 - 9/2006), đấu tranh với hoạt động tổ chức người vượt biên trái phép ở Tây Nguyên, Tây Nam bộ...

Từ năm 2009 đến nay, sau khi chuyển giao nhiệm vụ phòng chống tội phạm xâm phạm trật tự an toàn xã hội sang lực lượng phòng, chống ma túy và tội phạm, Cục Trinh sát BĐBP đã chỉ đạo trinh sát các đơn vị tích cực, chủ động triển khai các biện pháp nghiệp vụ nắm chắc tình hình, đi sâu thực hiện nhiệm vụ phòng chống tội phạm xâm phạm an ninh quốc gia.

Đã thu thập, nghiên cứu, xử lý 151.901 tin (55.957 tin giá trị), kịp thời tham mưu, báo cáo cấp trên và các cơ quan chức năng, phục vụ kịp thời công tác chỉ huy, chỉ đạo. Thường xuyên tăng cường 30 - 40% quân số tại các địa bàn trọng điểm, chỉ đạo, hướng dẫn và phối hợp với các lực lượng, đơn vị có liên quan.

10 năm qua, Cục Trinh sát BĐBP tổ chức thực hiện có hiệu quả 517 kế hoạch nghiệp vụ, 9 chuyên án; đấu tranh, bắt giữ, xử lý tổng số 1.748 vụ/10.960 đối tượng vi phạm pháp luật về tôn giáo, hoạt động buôn bán, vận chuyển, tàng trữ vũ khí, vật liệu nổ; thu giữ 15.281 tài liệu, 11.077 đĩa VCD và DVD, 3 USB, 2.400 tờ rơi, 77 ra-đi-ô (kèm thẻ nhớ), 1.459 khẩu súng, 3.063 viên đạn các loại, 6.576 kíp nổ, 2.179kg thuốc nổ, 2.520 hạt nổ, 210m dây cháy chậm, 3 quả lựu đạn; ngăn chặn 782 vụ/910 hộ/4.333 khẩu người Mông di cư tự do; triệt phá 9 đường dây, bắt 45 đối tượng tổ chức đưa đón, ngăn chặn 16 vụ/95 người dân tộc thiểu số Tây Nguyên vượt biên sang Campuchia; phối hợp bóc gỡ 2 nhóm/16 đối tượng, giáo dục kiểm điểm 35 đối tượng tái hoạt động “Tin lành Đề-ga” trên khu vực biên giới; ngăn chặn, xử lý 146 vụ/khoảng 42.600 lượt người dân tuần hành, biểu tình gây rối an ninh trật...

Đại tá Bùi Hồng Thanh, Bí thư Đảng ủy, Phó Cục trưởng Cục Trinh sát BĐBP